Cette formation a lieu depuis 2013 et entrera bientôt dans sa deuxième phase. Celle-ci consistera en une formation spécialisée pour une gestion efficace des frontières basée sur les droits fondamentaux. Elle repose sur la reconnaissance du fait que les droits fondamentaux sont un facteur favorable à une gestion intégrée des frontières. Des séances de formation personnalisées seront dispensées à l'ensemble du personnel de Frontex et en particulier à ses unités opérationnelles. Outre les séances annuelles de deux jours consacrées aux droits fondamentaux, cette formation approfondira des droits spécifiques en rapport avec la migration, la libre circulation et la protection des données.
Des informations détaillées seront complétées par des recommandations axées sur la pratique concernant la manière d'éviter ou d'atténuer les violations des droits, en particulier dans le cas de groupes vulnérables. Une introduction aux différents mécanismes internationaux de protection et de contrôle et une présentation des différents acteurs travaillant dans ce domaine compléteront la formation. À l'issue de celle-ci, les participants seront en mesure d'évaluer les risques et les conséquences potentiels du non-respect des droits fondamentaux.