System EES (Entry/Exit System), który ruszy w 2025 roku, będzie rejestrował obywateli państw trzecich przekraczających zewnętrzne granice UE. Niniejsze wytyczne FRA mają wesprzeć kadrę zarządzającą odpowiedzialną za funkcjonowanie nowego systemu. Mają pomóc im zapewnić zgodność z unijną ochroną praw podstawowych. Przedstawiają kwestie operacyjne, takie jak jasna komunikacja, godne pobieranie danych biometrycznych oraz ochrona danych. Obejmują także potrzeby szkoleniowe personelu. Na podstawie badań terenowych przeprowadzonych w 10 przejściach granicznych w 6 państwach członkowskich, wytyczne te mają zagwarantować poszanowanie praw podstawowych w ramach nowego systemu. Oddzielna publikacja z wytycznymi dla funkcjonariuszy straży granicznej towarzyszy temu dokumentowi.