Der Verwaltungsrat der FRA ist die Planungs- und Überwachungsinstanz der Agentur. Zu seinen Aufgaben gehört die Annahme des Jahresarbeitsprogramms und des Jahresberichts über die Grundrechte in der EU. Außerdem verabschiedet er den Haushaltsplan der Agentur, überwacht deren Tätigkeit und ernennt unabhängige Sachverständige für den wissenschaftlichen Ausschuss der FRA.
Jeder Mitgliedstaat ernennt einen unabhängigen Sachverständigen. Die Mitglieder des Verwaltungsrats der FRA haben Erfahrung im Management von Organisationen des öffentlichen und/oder privaten Sektors und verfügen über Kenntnisse auf dem Gebiet der Grundrechte. Zwei Vertreter der Europäischen Kommission und ein vom Europarat benannter unabhängiger Sachverständiger gehören ebenfalls dem Verwaltungsrat an. Kroatien entsendet als EU-Beitrittsland einen Beobachter.
Frauke Seidensticker, das Mitglied für Deutschland im Verwaltungsrat der FRA, wurde in den Exekutivausschuss der FRA gewählt. Die Wahl eines weiteren Mitglieds wird im Rahmen der nächsten Sitzung des Verwaltungsrats im Dezember stattfinden. Der Exekutivausschuss unterstützt den Verwaltungsrat und den Direktor der FRA in Entscheidungsprozessen. Dem Exekutivausschuss gehören außerdem die Vorsitzende und der stellvertretende Vorsitzende des Verwaltungsrats sowie je ein Vertreter der Europäischen Kommission und des Europarats an.
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