La FRA se compose des organes suivants
Conseil d’Administration: Le conseil d’administration se compose d’experts indépendants des droits de l’homme issus de chacun des 27 États membres. Une personne indépendante nommée par le Conseil de l’Europe fait également partie du conseil d’administration, ainsi que deux représentants de la Commission européenne. Le conseil d’administration nomme le directeur et le Comité scientifique, sélectionnés à l’issue d’un appel à candidatures ouvert. Il adopte le programme de travail annuel de la FRA, ses rapports annuels, ses budgets et ses règles financières.
Bureau Exécutif: Le bureau exécutif se compose du président et du vice-président du conseil d’administration, de deux autres membres du conseil d’administration et d’un représentant de la Commission européenne. Le bureau exécutif prépare les décisions du conseil d’administration; il assiste et conseille le directeur.
Scientific Committee: Le Comité scientifique se compose de onze experts indépendants des droits de l’homme. Garant de la qualité scientifique des travaux de la FRA, ses membres sont sélectionnés à la suite d’une procédure transparente d’appel à candidatures.
Directeur: Le directeur est chargé de l’exécution des tâches de la FRA et de toutes les questions de personnel.
