Le Rapport d’activité annuel comprend quatre sections :
- résultats obtenus par domaine d’activité ;
- gestion des ressources ;
- évaluation de l’efficacité des systèmes de contrôle interne ;
- assurance relative à la gestion.
L'agence est tenue d'établir et de publier un rapport annuel sur ses activités conformément à son règlement fondateur (règlement (CE) n° 168/2007).