Die Rechte von Drittstaatsangehörigen, die in die EU einreisen oder sich hier aufhalten, werden häufig missachtet. Die Gründe dafür sind mitunter mangelhafte Umsetzung der Rechtsvorschriften, ungenügende Kenntnis der Menschenrechte, unzureichend ausgebildete Beamte und in einigen Fällen schlicht Diskriminierung und Fremdenfeindlichkeit.

Im Jahr 2011 lebten in der EU rund 20,5 Millionen Nicht-EU-Bürger – das sind etwa 4 Prozent der Gesamtbevölkerung. Im Vergleich dazu stellen jedes Jahr 250 000 bis 300 000 Menschen einen Antrag auf Asyl in der EU. Die FRA erhebt Daten und sammelt Informationen über die Umsetzung der Rechte dieser Menschen, ermittelt Schwachstellen und arbeitet vielversprechende Praktiken in den Mitgliedstaaten heraus. Sie schlägt einerseits Lösungen zur Behebung der Mängel vor und unterbreitet andererseits Vorschläge für eine umfassendere Anwendung bewährter Praktiken. Bisher legte die Agentur einen Schwerpunkt auf Grundrechte an den Grenzen, die Rechte von Migranten in einer irregulären Situation und Asyl. Ab 2013 wird sie dann auch Untersuchungen über schwere Formen der Ausbeutung von Arbeitskraft vornehmen, welche oftmals eng mit der Verletzung von Rechten von Migranten und Asylbewerbern verknüpft sind.

Die EU verfügt über eine Reihe von Vorschriften und Strategien, die die Bereiche Visa, Grenzen und Asyl abdecken, der irregulären Migration entgegensteuern und in gewissem Maße auch die Aufnahme und Integration von Migranten betreffen. Außerdem gelten die meisten in der Charta der Grundrechte der Europäischen Union verankerten Rechte für alle Menschen, unabhängig von ihrem Einwanderungsstatus. Die Charta enthält das Recht auf Asyl und verbietet Kollektivausweisungen sowie die Abschiebung von Personen, wenn Gefahr für deren Leben bestehen könnte oder sie anderweitig von einem ernsthaften Schaden bedroht sein könnten.