Les ressortissants de pays tiers qui entrent ou séjournent dans l’UE voient souvent leurs droits bafoués. Plusieurs causes peuvent être invoquées : mise en œuvre insuffisante de la législation, méconnaissance des droits fondamentaux ou formation inadéquate des fonctionnaires, et parfois discrimination et xénophobie.

En 2011, quelque 20,5 millions de personnes non-ressortissantes de l’UE vivaient dans l’Union européenne, soit environ 4 % de l’ensemble de la population. À titre de comparaison, chaque année, 250 000 à 300 000 personnes en moyenne demandent l’asile dans l’UE. La FRA recueille les données et les informations relatives à la mise en œuvre des droits de ces personnes, tout en mettant en évidence les lacunes actuelles et les pratiques encourageantes dans les États membres. Ensuite, elle suggère des solutions pour, d’une part, pallier à ces déficiences et, d’autre part, répandre l’usage des bonnes pratiques. Jusqu’à présent, les activités de l’agence se sont concentrées sur les droits fondamentaux aux frontières, les droits des migrants en situation irrégulière et le droit d’asile. En 2013, la FRA entamera des recherches sur les formes graves d’exploitation par le travail, qui sont souvent étroitement liées à la violation des droits des migrants et des demandeurs d’asile.

L’UE a fixé une série de règles et de stratégies en matière de visas, de frontières et d’asile, de même que de lutte contre la migration irrégulière et, dans une moindre mesure, en matière d’admission et d’intégration des migrants. En outre, la plupart des droits ancrés dans la Charte des droits fondamentaux de l'Union européenne s’appliquent à toute personne, quel que soit son statut migratoire. La Charte prévoit le droit d’asile et interdit les expulsions collectives, ainsi que l’éloignement, l’expulsion et l’extradition des individus s’il existe un risque pour leur vie ou d’autres préjudice grave.