Die FRA unterstützt die EU dabei, das richtige Gleichgewicht zwischen Sicherheit und Wahrung der Grundrechte zu finden. Dazu prüft sie, ob Datenschutzmaßnahmen mit den Anforderungen anderer Grundrechte – beispielsweise Nichtdiskriminierung – vereinbar sind. Durch diesen sozial-rechtlichen Ansatz zur Datenerhebung führt die Agentur Forschungsarbeiten durch, die sowohl Feldforschungen als auch die rechtliche Prüfung des Datenschutzes und verwandter Grundrechtsfragen umfasst. Die Ergebnisse der Untersuchungen der FRA dienen der Information von Entscheidungsträgern und Fachleuten, die sich mit diesen Fragen befassen.
In der Vergangenheit war die EU wichtige Triebkraft für die Entwicklung und Einführung nationaler Datenschutzgesetze in mehreren Rechtssystemen, die zuvor über keine diesbezüglichen Vorschriften verfügten. Ein wichtiges Instrument dabei war die EU-Richtlinie aus dem Jahr 1995 zum Schutz natürlicher Personen bei der Verarbeitung personenbezogener Daten und zum freien Datenverkehr.
Erst kürzlich, im Jahr 2012, hat die Kommission Vorschläge für die umfangreichste Reform der Datenschutzvorschriften in der EU seit 1995 vorgelegt.
Datenschutz ist ein Grundrecht gemäß Artikel 8 der EU-Grundrechtecharta und ist nicht gleichbedeutend mit der Achtung des Privat- und Familienlebens im Sinne von Artikel 7. Dadurch unterscheidet sich die EU-Charta von anderen wichtigen Menschenrechtsdokumenten, bei denen der Schutz persönlicher Daten als eine Erweiterung des Rechts auf Privatleben angesehen wird.