Die Forschungsarbeiten der FRA aus den letzten fünf Jahren ergaben, dass LGBT-Personen in allen Bereichen des gesellschaftlichen und wirtschaftlichen Lebens diskriminiert werden, verbalen und physischen Angriffen ausgesetzt sind und sich aus Furcht vor negativen Folgen in der Öffentlichkeit weitgehend nicht zu erkennen geben. Etwa 93 000 LGBT-Personen nahmen 2012 an einer EU-weiten Erhebung der FRA teil, die den Alltagsproblemen von LGBT-Personen galt. Die Erhebung erbrachte vergleichbare Daten zu Erfahrungen mit Hassverbrechen und Diskriminierung sowie zu der Frage, inwieweit LGBT-Personen über ihre Rechte informiert sind. Ergänzend soll eine Umfrage unter Beamten und wichtigen Dienstleistern im Bereich des Bildungs- und Gesundheitswesens und der Strafverfolgung ermitteln, welche Hürden derzeit verhindern, dass die Rechte von LGBT-Personen vollständig umgesetzt werden. Die endgültigen Forschungsergebnisse werden im Mai 2013 veröffentlicht.
Auf internationaler Ebene haben UN-Vertragsorgane auf der Grundlage einschlägiger UN-Pakte sexuelle Ausrichtung und Geschlechtsidentität in die offene Liste der Diskriminierungsgründe aufgenommen. Im Rahmen des EU-Rechts sind Lesben, Bisexuelle und Schwule derzeit nur im Bereich der Beschäftigung vor Diskriminierung wegen ihrer sexuellen Ausrichtung geschützt. Transsexuelle und Transgender-Personen sind dann vor Diskriminierung aus Gründen des Geschlechts geschützt, wenn die Diskriminierung wegen einer Geschlechtsangleichung erfolgt (EU-Richtlinie zur Verwirklichung des Grundsatzes der Gleichbehandlung von Männern und Frauen beim Zugang zu und bei der Versorgung mit Gütern und Dienstleistungen).
Die EU-Grundrechtecharta verbietet Diskriminierung aufgrund der sexuellen Ausrichtung. Transgender-Personen werden laut der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs durch die Grundrechtecharta vor Diskriminierung wegen ihres „Geschlechts“ geschützt.