La Agencia coopera con las Naciones Unidas, la Organización para la Seguridad y la Cooperación en Europa (OSCE), el Consejo de Europa y otras organizaciones internacionales. Esta cooperación forma parte del Reglamento por el que se creó la FRA e incluye consultas de expertos, conferencias y seminarios, así como la puesta en común de datos e información. La cooperación crea sinergias y optimiza los recursos para evitar la duplicación del trabajo. También ayuda a garantizar que el trabajo de las diferentes organizaciones se complemente entre sí, de manera que las recomendaciones y los consejos están sean más armónicos.