Agentura spolupracuje s Organizací spojených národů (OSN), Organizací pro bezpečnost a spolupráci v Evropě (OBSE), Radou Evropy a dalšími mezinárodními organizacemi. Tato spolupráce vyplývá ze zakládajícího nařízení agentury FRA a zahrnuje odborné konzultace, konference a semináře, jakož i sdílení údajů a informací. Spolupráce vytváří synergie a optimalizuje zdroje s cílem zabránit zdvojování pracovní činnosti. Pomáhá také zajistit, aby se práce různých organizací vzájemně doplňovala tak, že doporučení a poradenství budou lépe sladěna.