Agencija surađuje s Ujedinjenim narodima (UN), Organizacijom za europsku sigurnosti i suradnju (OESS), Vijećem Europe i drugim međunarodnim organizacijama. Ta se suradnja temelji na Uredbi o osnivanju FRA-e i uključuje savjetovanja sa stručnjacima, konferencije i seminare te razmjenu podataka i informacija. Suradnjom se stvaraju sinergije i optimiziraju resursi te tako izbjegava udvostručavanje poslova. Pridonosi se i međusobnom nadopunjavanju poslova različitih organizacija u cilju boljeg usklađivanja preporuka i savjeta.