Az Ügynökség együttműködik az Egyesült Nemzetek Szervezetével, az Európai Biztonsági és Együttműködési Szervezettel (EBESZ), az Európa Tanáccsal és más nemzetközi szervezetekkel. Ez az együttműködés része az FRA alapító rendeletének, és magában foglalja a szakértői konzultációkat, konferenciákat és szemináriumokat, valamint az adatok és információk megosztását. Az együttműködés szinergiákat teremt, és optimalizálja az erőforrások felhasználását, hogy el lehessen kerülni a kétszeres munkát. Segítségével a különböző szervezetek munkája biztosan kiegészíti egymást, hogy az ajánlások és tanácsok is jobban összhangban legyenek.