Agentúra spolupracuje s Organizáciou Spojených národov (OSN), Organizáciou pre bezpečnosť a spoluprácu v Európe (OBSE), Radou Európy a inými medzinárodnými organizáciami. Táto spolupráca je obsiahnutá v nariadení o založení agentúry FRA a zahŕňa odborné konzultácie, konferencie a semináre, ako aj výmenu údajov a informácií. Spolupráca prispieva k vzniku synergických účinkov a optimalizovaniu zdrojov, čím sa predchádza duplicite práce. Pomáha tiež zabezpečiť vzájomné dopĺňanie práce rôznych organizácií tak, aby odporúčania a poradenstvo boli lepšie zosúladené.