FRA nepretržite spolupracuje s inštitúciami EÚ a členskými štátmi a poskytuje im nezávislé odborné poradenstvo a analýzu základných práv. Vytvára siete a nadväzuje kontakty s partnermi na všetkých úrovniach, aby tvorcovia politík vo verejnej správe členských štátov, ako aj na úrovni EÚ mohli využívať jej poradenstvo a výskum.
Agentúra udržiava v tomto rámci obzvlášť úzke pracovné vzťahy:
s inštitúciami a inými orgánmi EÚ,
s členskými štátmi Európskej únie,
s Radou Európy,
s občianskou spoločnosťou a platformou pre základné práva,
s národnými inštitúciami pre ľudské práva, orgánmi pre otázky rovnosti a inštitúciami ombudsmana,
s OSN, OBSE a ďalšími medzinárodnými organizáciami