Agencija v okviru stalnega sodelovanja z institucijami in državami članicami EU zagotavlja neodvisne strokovne nasvete in analize na področju temeljnih pravic. Vzpostavljene ima mreže in povezave s partnerskimi organizacijami na vseh ravneh, tako da nasveti in raziskave dosežejo nosilce odločitev v nacionalnih vladah in EU.
V tem okviru vzdržuje še posebno tesne delovne odnose z:
Institucijami in drugimi organi EU;
Državami članicami Evropske unije;
Svetom Evrope;
Civilno družbo in platformo za temeljne pravice;
Nacionalnimi institucijami za človekove pravice, organi za enakost in uradi varuhov človekovih pravic;
Združenimi narodi, OVSE in drugimi mednarodnimi organizacijami.