Se tekee jatkuvasti yhteistyötä EU:n toimielinten ja jäsenvaltioiden kanssa voidakseen tarjota niille riippumatonta asiantuntijaneuvontaa ja laatia perusoikeuksia koskevia analyyseja. Virasto on luonut yhteyksiä kumppaneihinsa kaikilla tasoilla ja muodostanut verkostoja, jotta sen neuvonta- ja tutkimustyö saavuttaisi sekä jäsenvaltioiden hallitusten että EU:n päätöksentekijät.
Tätä varten perusoikeusvirasto pitää yllä erityisen läheistä työsuhdetta seuraaviin:
EU:n toimielimet ja muut elimet
Euroopan unionin jäsenvaltiot
Euroopan neuvosto
Kansalaisyhteiskunta ja perusoikeusfoorumi
Kansalliset ihmisoikeusinstituutiot, tasa-arvoelimet ja oikeusasiamiesinstituutiot
YK, Etyj ja muut kansainväliset organisaatiot