FRA nuolat bendradarbiauja su ES institucijomis ir valstybėmis narėmis, teikdama joms nepriklausomų ekspertų konsultacijas ir pagrindinių teisių analizę. Ji sukūrė tinklus ir užmezgė ryšius su partneriais visais lygmenimis, kad jos patarimai ir moksliniai tyrimai galėtų pasiekti sprendimus priimančius asmenis nacionalinėse vyriausybėse ir ES.
Atsižvelgdama į tai, FRA palaiko ypač glaudžius darbo santykius su:
ES institucijomis ir kitomis įstaigomis
Europos Sąjungos valstybėmis narėmis
Europos Taryba
Pilietine visuomene ir Pagrindinių teisių platforma
Nacionalinėmis žmogaus teisių institucijomis, lygybės įstaigomis ir ombudsmenų institucijomis
JT, ESBO ir kitomis tarptautinėmis organizacijomis