FRA har et løbende samarbejde med EU's institutioner og medlemsstater om at levere uafhængig ekspertrådgivning og analyser af grundlæggende rettigheder. Agenturet har oprettet netværk og etableret forbindelser med partnere på alle niveauer, for at denne rådgivning og forskning kan nå ud til beslutningstagere i nationale regeringer og i EU.
FRA opretholder i denne forbindelse navnlig tætte samarbejdsrelationer med:
EU-institutionerne og andre organer
Den Europæiske Unions medlemsstater
Europarådet
Civilsamfundet og platformen for grundlæggende rettigheder
Nationale menneskerettighedsinstitutioner, ligestillingsorganer samt ombudsmandsinstitutioner
FN, OSCE og andre internationale organisationer