I Stockholmprogrammet – Et åbent og sikkert Europa i borgernes tjeneste og til deres beskyttelse, der blev vedtaget i 2010, opfordrede Det Europæiske Råd EU's institutioner til "at gøre fuld brug af ekspertisen i FRA og, hvor det er hensigtsmæssigt, føre samråd med agenturet i overensstemmelse med dets mandat om udarbejdelsen af politikker og lovgivning med konsekvenser for de grundlæggende rettigheder" Denne opfordring blev gentaget i de strategiske retningslinjer på området med frihed, sikkerhed og retfærdighed i juni 2015, hvor Det Europæiske Råd opfordrede EU's institutioner og medlemsstater til at "mobilisere ekspertisen i relevante EU-agenturer, såsom FRA.
FRA kan afgive udtalelser og konklusioner til EU's institutioner og medlemsstater om specifikke tematiske områder. Derudover kan Europa-Parlamentet, Rådet eller Kommissionen anmode agenturet om udtalelser om EU's lovgivningsforslag "for så vidt angår disses forenelighed med de grundlæggende rettigheder". Denne specifikke opgave bidrager til agenturets overordnede mål om at bistå EU's institutioner og medlemsstater med fuldt ud at overholde grundlæggende rettigheder.
FRA bevarer navnlig tætte relationer med følgende:
