Prin Programul de la Stockholm –„o Europă deschisă și sigură în serviciul cetățenilor și pentru protecția acestora”, care a fost adoptat în 2010, Consiliul European a invitat instituțiile Uniunii Europene „să valorifice la maximum cunoștințele de specialitate ale FRA și să se consulte cu agenția, după caz, în concordanță cu mandatul acesteia, cu privire la dezvoltarea de politici și de acte legislative cu implicații pentru drepturile fundamentale”. Acest apel a fost reafirmat în Orientările strategice în cadrul spațiului de libertate, securitate și justiție în iunie 2015, în care Consiliul European a invitat instituțiile Uniunii Europene și statele membre „să mobilizeze cunoștințele de specialitate ale agențiilor UE, printre care și FRA”.
FRA poate emite avize și concluzii la adresa instituțiilor Uniunii Europene și a statelor membre pe anumite teme. În plus, Parlamentul European, Consiliul sau Comisia poate solicita agenției să emită avize cu privire la propuneri legislative ale UE „în limitele compatibilității lor cu drepturile fundamentale”. Această sarcină specifică contribuie la obiectivul general al agenției de a sprijini instituțiile Uniunii Europene și statele membre pentru a respecta pe deplin drepturile fundamentale.
FRA menține legături deosebit de strânse cu următoarele:
