W ramach programu sztokholmskiego – „Otwarta i bezpieczna Europa dla dobra i ochrony obywateli”, przyjętego w 2010 r., Rada Europejska wezwała instytucje UE do „pełnego wykorzystania fachowej wiedzy Agencji Praw Podstawowych Unii Europejskiej i, w stosownych przypadkach, konsultowania się z nią – zgodnie z jej mandatem – w sprawach dotyczących opracowywania polityk i prawodawstwa, które mają skutki dla praw podstawowych”. Wezwanie to podkreślono również w strategicznych wytycznych dotyczących przestrzeni wolności, bezpieczeństwa i sprawiedliwości z czerwca 2015 r., w których Rada Europejska wezwała instytucje i państwa członkowskie UE do „wykorzystania wiedzy fachowej odpowiednich agencji UE, w tym Agencji Praw Podstawowych”.
FRA może wydawać opinie i konkluzje dotyczące konkretnych zagadnień dla instytucji i państw członkowskich UE. Parlament Europejski, Rada lub Komisja mogą ponadto zwrócić się do agencji o wydanie opinii w sprawie wniosków prawodawczych UE „w zakresie, w jakim dotyczą one zgodności z prawami podstawowymi”. To szczególne zadanie przyczynia się do realizacji ogólnego celu agencji, jakim jest wspieranie instytucji UE i państw członkowskich w zakresie pełnego przestrzegania praw podstawowych.
Agencja Praw Podstawowych Unii Europejskiej utrzymuje szczególnie bliskie kontakty z następującymi podmiotami:
