No Programa de Estocolmo –«Uma Europa aberta e segura que sirva e proteja os cidadãos», adotado em 2010, o Conselho Europeu convidou as instituições da UE «a fazerem pleno uso das capacidades da Agência dos Direitos Fundamentais da União Europeia e, se necessário, a consultarem a Agência, nos termos do seu mandato, sobre a elaboração de políticas e de legislação com implicações nos direitos fundamentais». Este apelo foi também reforçado nas Orientações estratégicas para o espaço de liberdade, segurança e justiça em junho de 2015, onde o Conselho Europeu convidou as instituições da UE e os Estados-Membros a «mobilizar as competências especializadas das agências pertinentes da UE», entre elas a FRA.
A FRA pode emitir pareceres e conclusões para as instituições da UE e os Estados-Membros sobre assuntos temáticos específicos. Além disso, o Parlamento Europeu, o Conselho ou a Comissão podem pedir à Agência para formular pareceres sobre propostas legislativas da UE «no que respeita à sua compatibilidade com os direitos fundamentais». Esta tarefa específica contribui para o objetivo geral da Agência de apoiar as instituições e os Estados-Membros da UE a respeitarem plenamente os direitos fundamentais.
A FRA mantém ligações particularmente estreitas com: