U Štokholmskom programu – otvorena i sigurna Europa koja služi građanima i štiti ih, donesenom 2010., Europsko vijeće pozvalo je institucije EU-a da „potpuno iskoriste stručno znanje FRA-e i da se u skladu s njezinim mandatom, prema potrebi, savjetuju s Agencijom o izradi politika i zakonodavstva koji utječu na temeljna prava”. U lipnju 2015. to je potvrđeno i u strateškim smjernicama u području slobode, sigurnosti i pravde, u kojima je Europsko vijeće pozvalo institucije i države članice EU-a na „iskorištavanje iskustva relevantnih agencija EU-a”, među ostalim FRA-e.
FRA može institucijama i državama članicama EU-a davati mišljenja i zaključke o konkretnim tematskim pitanjima. Osim toga, Europski parlament, Vijeće ili Komisija mogu od agencije „zatražiti mišljenja o podudarnosti s temeljnim pravima [...] zakonodavnih prijedloga” EU-a. Ta posebna zadaća pridonosi općem cilju Agencije da pruži potporu punom poštovanju temeljnih prava u institucijama i državama članicama EU-a.
FRA održava osobito bliske veze sa sljedećim tijelima:
