Vuonna 2010 hyväksytyssä Tukholman ohjelmassa – ”Avoin ja turvallinen Eurooppa kansalaisia ja heidän suojeluaan varten” Eurooppa-neuvosto kehottaa EU:n toimielimiä ”hyödyntämään täysimääräisesti Euroopan unionin perusoikeusviraston asiantuntemusta ja tarvittaessa pyytämään virastolta sen toimeksiannon mukaisesti neuvoja perusoikeuksiin vaikuttavien politiikkojen ja lainsäädännön kehittämisessä”. Kehotusta on vahvistettu kesäkuussa 2015 vapauden, turvallisuuden ja oikeuden aluetta koskevissa strategisissa suuntaviivoissa, joissa Eurooppa-neuvosto pyytää EU:n toimielimiä ja jäsenvaltioita hyödyntämään keskeisten EU-virastojen, kuten perusoikeusviraston, asiantuntemusta.
Perusoikeusvirasto voi antaa EU:n toimielimille ja jäsenvaltioille lausuntoja ja päätelmiä erityisistä temaattisista aiheista. Tämän lisäksi Euroopan parlamentti, neuvosto tai komissio voivat pyytää virastolta lausuntoja EU:n lainsäädäntöehdotusten yhteensopivuudesta perusoikeuksien kanssa. Tämä tehtävä auttaa virastoa täyttämään sen päätavoitteen eli tukemaan EU:n toimielimiä ja jäsenvaltioita perusoikeuksien täysimääräisessä kunnioittamisessa.
Perusoikeusvirastolla on erityisen läheinen yhteys seuraaviin: