V Štokholmskom programe s názvom Otvorená a bezpečná Európa, ktorá slúži občanom a chráni ich, Európska rada vyzvala inštitúcie EÚ, aby „v plnej miere využívali odborné kapacity Agentúry Európskej únie pre základné práva a podľa potreby sa s ňou v súlade s jej mandátom radili pri rozvoji politík a vypracúvaní právnych predpisov s dôsledkami na ľudské práva“. Táto výzva bola posilnená aj v strategických usmerneniach pre priestor slobody, bezpečnosti a spravodlivosti z júna 2015, v ktorých Európska rada vyzvala inštitúcie EÚ a členské štáty „zmobilizovať odborné poznatky príslušných agentúr EÚ“ medzi nimi aj agentúry FRA.
FRA môže pre inštitúcie EÚ a členské štáty vydávať stanoviská a závery ku konkrétnym tematickým oblastiam. Európsky parlament, Rada alebo Komisia môžu okrem toho požiadať agentúru, aby predložila stanoviská, či sú ich legislatívne návrhy „v súlade so základnými právami“. Táto osobitná úloha prispieva k celkovému cieľu agentúry, ktorým je podpora inštitúcií EÚ a členských štátov pri dodržiavaní základných práv v plnom rozsahu.
FRA udržiava mimoriadne úzke vzťahy s týmito inštitúciami:
