FRA kontinuirano surađuje s institucijama i državama članicama EU-a te im pruža neovisne stručne savjete i analize temeljnih prava. Uspostavila je mreže i veze s partnerima na svim razinama kako bi njezini savjeti i istraživanja bili dostupni tvorcima politika na razini nacionalnih vlada i EU-a.
Unutar tog okvira FRA održava osobito bliske radne odnose s nekoliko subjekata, a to su:
Institucije i druga tijela EU-a
Države članice Europske unije
Vijeće Europe
Civilno društvo i Platforma za temeljna prava
Nacionalne institucije za ljudska prava, tijela za ravnopravnost i institucije pravobranitelja
UN, OESS i druge međunarodne organizacije