FRA си сътрудничи непрекъснато с институциите и държавите — членки на ЕС, за да им предоставя независими експертни съвети и анализи за основните права. Агенцията създаде мрежи и установи връзки с партньори на всички нива, за да могат нейните съвети и изследвания да достигат до отговорните за вземането на решения лица в националните правителства и в ЕС.
В тази рамка FRA поддържа тесни работни отношения по-специално с:
институции и други органи на ЕС
държавите — членки на Европейския съюз
Съвета на Европа
гражданското общество и платформата за основните права
националните институции по правата на човека, органите за равно третиране и институциите на омбудсмана
ООН, ОССЕ и други международни организации