За да осигури взаимно допълване и добавена стойност, Агенцията координира дейностите си с тези на Съвета на Европа, по-конкретно по отношение на годишната си работна програма и сътрудничеството с гражданското общество. За тази цел Европейската общност сключи споразумение със Съвета на Европа с цел установяване на тясно сътрудничество между Съвета на Европа и Агенцията. През юли 2020 г. Съветът на Европа номинира Philippe Boillat като независимо лице, което да участва в изпълнителния съвет и в управителния съвет на FRA, както и Lawrence Early като заместник-член.
Независимото лице, назначено от Съвета на Европа, участва във вземането на решения на управителния съвет, който приема по-конкретно годишната работна програма и годишния доклад и назначава членовете на научния комитет.
Philippe Boillat заема мястото на проф. Rainer Hofmann. Предишните членове бяха г-жа de Boer-Buquicchio и г-н Guy De Vel.
FRA има тясно сътрудничество със следните органи на Съвета на Европа:
За контакти:
Massimo Toschi, лице за връзка с FRA относно сътрудничеството със Съвета на Европа FRA_CoEcooperation(at)fra.europa.eu