Agencija svoje dejavnosti usklajuje z dejavnostmi Sveta Evrope, h katerim prispeva svojo dodano vrednost, zlasti glede svojega letnega delovnega programa in sodelovanja s civilno družbo. Evropska skupnost je tako za vzpostavitev tesnega sodelovanja med Svetom Evrope in agencijo s Svetom sklenila sporazum. Julija 2020 je Svet Evrope imenoval Philippa Boillata za neodvisno osebo v izvršnem odboru in upravnem odboru agencije ter Lawrencea Earlyja za namestnika.
Neodvisna oseba, ki jo imenuje Svet Evrope, sodeluje pri odločitvah upravnega odbora; ta zlasti sprejme letni delovni program in letno poročilo ter imenuje člane znanstvenega odbora.
Philippe Boillat je nasledil prof. Rainerja Hofmanna. Prejšnja člana sta bila gospa de Boer-Buquicchio in Guy De Vel.
Agencija Evropske unije za temeljne pravice tesno sodeluje z naslednjimi organi Sveta Evrope:
Stik:
Massimo Toschi, kontaktna oseba agencije FRA v zvezi s sodelovanjem s Svetom Evrope FRA_CoEcooperation(at)fra.europa.eu