Lai nodrošinātu papildināmību un pievienoto vērtību, aģentūra koordinē savas darbības ar Eiropas Padomes darbībām, jo īpaši attiecībā uz tās gada darba programmu un sadarbību ar pilsonisko sabiedrību. Šajā saistībā Eiropas Kopiena noslēdza nolīgumu ar Eiropas Padomi, lai izveidotu ciešu sadarbību starp Eiropas Padomi un aģentūru. Eiropas Padome 2020. gada jūlijā izvirzīja Philippe Boillat kā neatkarīgu personu FRA izpildvaldē un FRA valdē un Lorensu Early kā aizstājēju.
Eiropas Padomes ieceltā neatkarīgā persona piedalās lēmumu pieņemšanā valdē, kas jo īpaši pieņem gada darba programmu un gada pārskatu, kā arī ieceļ Zinātniskās komitejas locekļus.
Philippe Boillat pārņem prof. Rainer Hofmann amatu. Līdzšinējie locekļi bija Boer-Buquicchio kundze un Guy De vel kungs.
FRA cieši sadarbojas ar šādām Eiropas Padomes struktūrām:
Kontaktinformācija:
Massimo Toschi, FRA kontaktpersona sadarbībai ar Eiropas Padomi FRA_CoEcooperation(at)fra.europa.eu