Aģentūra sadarbojas ar Apvienoto Nāciju Organizāciju (ANO), Eiropas Drošības un sadarbības organizāciju (EDSO), Eiropas Padomi un citām starptautiskām organizācijām. Šī sadarbība ir FRA dibināšanas regulas daļa un ietver ekspertu konsultācijas, konferences un seminārus, kā arī datu un informācijas apmaiņu. Sadarbība rada sinerģiju un optimizē resursus, lai nepieļautu darba dublēšanos. Tā arī palīdz nodrošināt, ka dažādu organizāciju darbs papildina cits citu, lai ieteikumi un konsultācijas būtu saskaņotāki.