Агенцията си сътрудничи с Организацията на обединените нации (ООН), Организацията за сигурност и сътрудничество в Европа (ОССЕ), Съвета на Европа и други международни организации. Това сътрудничество е част от Регламента за създаване на FRA и включва консултации с експерти, конференции и семинари, както и обмен на данни и информация. Чрез сътрудничеството се създават полезни взаимодействия и се оптимизират ресурсите, за да се избегне дублирането на дейности. Чрез него се гарантира, че работата на различните организации се допълва, както и че препоръките и съветите са по-добре съгласувани.