A Agência coopera com a Organização das Nações Unidas (ONU), a Organização para a Segurança e Cooperação na Europa (OSCE), o Conselho da Europa e outras organizações internacionais. Esta cooperação faz parte do Regulamento de base da FRA e inclui consultas, conferências e seminários com peritos, bem como a partilha de dados e informações. A cooperação cria sinergias e otimiza recursos para evitar a duplicação de trabalho. Ajuda igualmente a garantir que o trabalho de diferentes organizações se complementa mutuamente, para que as recomendações e o aconselhamento estejam mais alinhados.