A FRA coopera continuamente com instituições da UE e dos Estados-Membros para lhes prestar aconselhamento especializado independente e análise dos direitos fundamentais. Criou redes e estabeleceu ligações com parceiros a todos os níveis, de molde a que o seu aconselhamento e investigação possam chegar aos decisores nos governos nacionais e na UE.
Neste contexto, a FRA mantém relações de trabalho particularmente estreitas com:
Instituições e outros organismos da UE
Estados-Membros da União Europeia
Conselho da Europa
Sociedade civil e Plataforma dos Direitos Fundamentais
Instituições nacionais de defesa dos direitos humanos, Organismos responsáveis pela defesa da igualdade e Instituições de provedoria
ONU, OSCE e outras organizações internacionais