Az FRA folyamatosan együttműködik az uniós intézményekkel és tagállamokkal, hogy független szakértői tanácsadást és alapjogi elemzést biztosítson számukra. Hálózatokat hozott létre és minden szinten kapcsolatot teremtett a partnerekkel, hogy a tanácsai és a kutatásai eljuthassanak a nemzeti kormányok és az EU döntéshozóihoz.
Az FRA ezen a kereten belül különösen szoros munkakapcsolatot tart fenn a következőkkel:
Uniós intézmények és más szervek
Az Európai Unió tagállamai
Európa Tanács
A civil társadalom és az Alapjogi Platform
Nemzeti emberi jogi intézmények, egyenlőségi szervek és ombudsmani intézmények
ENSZ, EBESZ és más nemzetközi szervezetek