Agencja Praw Podstawowych Unii Europejskiej stale współpracuje z instytucjami UE i państwami członkowskimi, aby zapewnić im niezależne konsultacje ekspertów i analizy w zakresie praw podstawowych. Uruchomiła sieci i nawiązała kontakty z partnerami na wszystkich szczeblach, tak aby jej doradztwo i badania mogły dotrzeć do osób odpowiedzialnych za wyznaczanie kierunków polityki w krajowych organach władzy i w UE.
Działając w tych ramach, Agencja Praw Podstawowych Unii Europejskiej utrzymuje szczególnie bliskie stosunki robocze z:
Instytucjami UE i innymi organami
Państwami członkowskimi Unii Europejskiej
Radą Europy
Społeczeństwem obywatelskim i platformą praw podstawowych
Krajowymi instytucjami praw człowieka, organami ds. równości i instytucjami rzecznika praw obywatelskich
ONZ, OBWE i innymi organizacjami międzynarodowymi