FRA teeb pidevat koostööd ELi institutsioonide ja liikmesriikidega, et pakkuda neile sõltumatut eksperdinõuandeid ja põhiõiguste analüüse. Amet on loonud võrgustikke ja sidemeid partneritega kõigil tasanditel, et tema nõuanded ja teadustulemused jõuaksid riikide valitsuste ja ELi poliitikakujundajateni.
Selles raamistikus hoiab FRA eriti tihedaid töösuhteid järgmiste tegutsejatega.
ELi institutsioonid ja asutused
Euroopa Liidu liikmesriigid
Euroopa Nõukogu
Kodanikuühiskond ja põhiõiguste platvorm
Riiklikud inimõiguste asutused, võrdõiguslikkusasutused ja ombudsmanide bürood
ÜRO, OSCE ja muud rahvusvahelised organisatsioonid