Kaikissa EU:n jäsenvaltioissa on haasteita, mutta niiden luonteessa ja laajuudessa on maakohtaisia eroja. Haasteita ovat muun muassa seuraavat: epäedulliset muutokset lainsäädännössä tai lakien puutteellinen täytäntöönpano, esteet taloudellisten resurssien saamisessa ja niiden jatkuvuuden varmistamisessa, vaikeudet saada yhteys päätöksentekijöihin ja osallistua lainsäädännön laatimiseen ja poliittiseen päätöksentekoon sekä hyökkäykset ja häirintä, jotka kohdistuvat ihmisoikeuksien puolustajiin, mukaan lukien kielteinen keskustelu, jonka pyrkimyksenä on leimata kansalaisjärjestöjä ja poistaa oikeutus niiden toimintaan.
Tätä kysymystä käsittelevässä perusoikeusviraston täydellisessä raportissa käsitellään kansalaisjärjestöjen eri puolilla EU:ta kohtaamien haasteiden eri tyyppejä ja malleja ja esitellään lupaavia käytäntöjä, joilla näitä huolestuttavia malleja voidaan torjua.